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銷售類目范圍不同

預包裝食品銷售備案為市監部門許可市場主體進行預包裝食品銷售的一個備案，拿到手的是一個備案表，有市監部門的章，并且只能銷售預包裝食品，其他散裝、特殊食品是不能銷售的。比較適合銷售普通常見的食品；而食品經營許可證，拿到手的是一份正副本的證件，經營范圍更廣，文件更。經營范圍通常包含預包裝食品銷售，散裝食品銷售，特殊食品銷售（保健品銷售，嬰幼兒乳粉銷售），有部分地區包含酒類食品銷售。適合全類目運營商家或者進行保健食品銷售的商家（保健食品利潤更高）。但是部分地區可能沒有冷藏、冷凍食品銷售，保健食品等銷售，代辦時注意識別。
第二、平臺適用性不同

部分平臺不認可預包裝食品備案表，而食品經營許可證性更高，各平臺都認可，因而，大部分創業小伙伴選擇辦理經營許可證。在辦理時，根據自己銷售食品的需求，以及入駐各平臺時的認可度，選擇辦理何種證件。

第三、辦理的難易程度不同

對于預包裝食品備案表，線上線下辦理都挺簡單的，而食品經營許可證，線下辦理需要場地、貨架、現場核查的環節，辦理成本很高，導致線上辦理食品經營許可證也比較復雜，這個復雜指的是開通線上辦理渠道的各商務秘書公司和當地市監部門的溝通及許可的手續復雜性。因而，比較而言，食品經營許可證代辦費用更高。